Inez och Julius Polin-institutet leds av en direktion. Denna direktion har åtta medlemmar som representerar Fakulteten för humaniora, psykologi och teologi, Stiftelsen för Åbo Akademi, Utbildningslinjen för teologi, doktorander i teologi vid Åbo Akademi och tre externa medlemmar med förtrogenhet i teologisk forskning. Direktionens mandatperiod är tre år. Den dagliga verksamheten leds av Polin-institutets forskningschef och av Polin-institutets koordinator.

Direktionen för åren 2024-2027 består av professor Päivi Salmesvuori (ordförande), TM Ilona Blumgrund (vice-ordförande) (represesentant för doktoranderna i teologi vid Åbo Akademi), FT Nina Blom (representant för Stiftelsen för Åbo Akademi), professor Cecilia Nahnfeldt, dekan Peter Nynäs (representant för Fakulteten för humaniora, psykologi och teologi), professor Per Sundman (Uppsala universitet, extern medlem), professor Kati Tervo-Niemelä (Östra Finlands Universitet, extern medlem) och professor Lena-Sofia Tiemeyer (Örebro School of Theology/Akademi för ledarskap och teologi, ÅLT, extern medlem).

Direktionen 2021-2024

Direktionen för åren 2021-2024 bestod av professor Björn Vikström (ordförande), professor Kati Tervo-Niemelä (vice-ordförande), FT Nina Blom (ersatte FT Linda Annunen 2021-2022), TM Ilona Blumgrund (vikarie TM Topias Tanskanen 2022), professor Antti Laato, dekan Peter Nynäs, professor Lena-Sofia Tiemeyer och professor Cecilia Wejryd.

Direktionen 2021-2024

Docent Anni Maria Laato, TM Mikael Nouro, professor Bernice Sundkvist, professor Ingvar Dahlbacka, FD Linda Annunen, professor emeritus Gustav Björkstrand (vice-ordförande), professor Mikael Lindfelt (ordförande), docent Ruth Illman.